Im Jahr 1986 wurde damit begonnen, einen Standort für eine Deponie im heutigen Altmarkkreis Salzwedel zu finden. Da dieser an der Bismarker Straße in Gardelegen gefunden war, konnte im Jahr 1987 mit den ersten Planungen für eine Deponie begonnen werden. 1988 wurde die Genehmigung für den ausgesuchten Standort erteilt.
Im April 1993 fiel dann der Startschuss für die ersten Bauarbeiten, 1994 wurde der Deponiebetrieb aufgenommen, während dann im Jahr 1996 mit der offiziellen Übergabe des neu gebauten Betriebs- und Werkstattgebäudes die Bauarbeiten abgeschlossen wurden.
Im Jahr 2003 wurde auf dem Gelände der Deponie GmbH Altmarkkreis Salzwedel der mechanische Teil der Mechanisch-Biologischen Restabfallbehandlungsanlage (MBA) in Betrieb genommen. Die Inbetriebnahme des biologischen Teils der MBA erfolgte im Jahr 2005.
Im Jahr 2005 war es auch, dass im Rahmen einer Verschmelzung von der Deponie GmbH von der Deponie Entsorgungs- und Umwelttechnik (DEU) der Deponiestandort in Cheine bei Salzwedel mit Asbestmonodeponie, Müllumladestation und Schadstoffsammelstelle übernommen wurde.
Zu einer Änderung der bisherigen Deponie-Firmenstruktur kam es dann noch einmal im Jahr 2012, als die Stadtwirtschaft Gardelegen auf die Deponie GmbH aufgeschmolzen wurde.
Neben dem Abfallwirtschaftshof Gardelegen auf dem Gelände der Deponie GmbH und dem Abfallwirtschaftshof Cheine bei Salzwedel betreibt das Unternehmen in Klötze an der Salzwedeler Straße 34b, in Arendsee an der Osterburger Straße 41, in Kalbe (Milde) an der Schulstraße 11, in Apenburg an der Badeler Straße und in Diesdorf an der Molmker Straße (hinter der Grundschule) einen Wertstoffhof.
Derzeit arbeiten bei der Deponie GmbH an den beiden Standorten Gardelegen und Cheine 52 Frauen und Männer.
